สืบเนื่องจากการที่รัฐบาลมีแผนงานภายใต้แผนการพัฒนาพื้นที่พิเศษ 5 จังหวัดภาคใต้ในการพัฒนาให้พื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ดำเนินยุทธศาสตร์การเป็นศูนย์กลางอุตสาหกรรมฮาลาล มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์จึงได้มีมติตั้งหน่วยงานชื่อ สถาบันฮาลาล เพื่อเป็นแหล่งความรู้ในการพัฒนาอุตสาหกรรมอาหาร สินค้าและบริการตามมาตรฐานฮาลาลในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ด้วยการส่งเสริมให้เกิดงานวิจัย

ฮาลาลและเสริมสร้างความเข้มแข็งของเครือข่ายวิจัยฮาลาลในคณะต่าง ๆ ในมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ช่วยในการผลักดันให้เกิดนวัตกรรมใหม่ด้านฮาลาล ส่งเสริมการผลิตบุคลากรที่มีความรู้ความสามารถด้านฮาลาลทุกระดับ ช่วยผลักดันให้เกิดความก้าวหน้าของอุตสาหกรรมการผลิตอาหาร สินค้าและบริการตามมาตรฐานฮาลาลทั้งในระดับอุตสาหกรรม วิสาหกิจชุมชน OTOP กลุ่มเกษตรกรในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ให้สามารถยกระดับให้เป็นไปตามมาตรฐาน GMP HACCP – HALAL เป็นที่ยอมรับและเป็นสินค้าส่งออกเข้าสู่ตลาดฮาลาลของโลกมุสลิม พัฒนาผลิตภัณฑ์อาหารและสินค้าฮาลาลที่สอดคล้องกับความต้องการของตลาด สร้างความมั่นใจให้กับผู้ต้องการลงทุนและผู้ประกอบการที่เกี่ยวกับกิจการฮาลาล ส่งเสริมและสร้างแรงดึงดูดให้เกิดการลงทุนการดำเนินกิจการอุตสาหกรรมอาหาร สินค้าและบริการตามมาตรฐานฮาลาลในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้

โครงการจัดตั้งสถาบันฮาลาล จึงได้ก่อกำเนิดขึ้นและได้รับมติจากที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ในคราวประชุมครั้งที่ 318 (7/2552) เมื่อวันที่ 17 ตุลาคม 2552 ให้สถาบันฮาลาล เป็นหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เพื่อผลักดันให้เกิดการขยายตัวของธุรกิจต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับ อุตสาหกรรมอาหาร สินค้าและบริการตามมาตรฐานฮาลาล ด้วยกระบวนการวิจัย พัฒนาและถ่ายทอดเทคโนโลยีการผลิตและธุรกิจการผลิตอุตสาหกรรมฮาลาล ช่วยส่งเสริมให้เกิดความพร้อมแบบครบวงจรในด้านอุตสาหกรรมฮาลาล รวมทั้งการพัฒนาความรู้ด้านมาตรฐานฮาลาลที่เกี่ยวข้องกับอาหาร และผลิตภัณฑ์ รวมถึงระบบโลจิสติกของผลิตภัณฑ์ฮาลาลและการให้บริการตามมาตรฐานฮาลาลในอุตสาหกรรมการท่องเที่ยว ภัตตาคาร โรงแรม และโรงพยาบาล ส่งเสริมการใช้กระบวนการพัฒนาระบบคลัสเตอร์ในการส่งเสริมการพัฒนาระบบอุตสาหกรรมฮาลาลไปสู่เป้าหมายเชิงธุรกิจมากยิ่งขึ้น เพื่อยกระดับคุณภาพชีวิตของประชาชนในพื้นที่ ส่งเสริมภาวะเศรษฐกิจของชุมชนให้ดียิ่งขึ้น และสามารถช่วยพัฒนาพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ให้มีการขยายตัวด้านอุตสาหกรรม การท่องเที่ยว การศึกษาและสภาพชุมชนเจริญยิ่งขึ้น ซึ่งช่วยให้ประชาชนมีงานทำและมีรายได้สูงขึ้น รวมทั้งส่งเสริมความเชื่อมั่นของผู้บริโภคในโลกมุสลิมที่มีต่อผลิตภัณฑ์อาหาร สินค้าและบริการตามมาตรฐานฮาลาล และการให้การรับรองมาตรฐานฮาลาลของไทย นอกจากนี้เพื่อรองรับเศรษฐกิจเสรีอาเซียน ปี 2558 การพัฒนาอุตสาหกรรมฮาลาล จำเป็นต้องคำนึงถึงการพัฒนาที่มีความร่วมมือกับต่างประเทศและนำข้อมูลความต้องการของตลาดอาเซียนมาพัฒนาอุตสาหกรรมฮาลาลในประเทศไทยให้มีศักยภาพเข้มแข็งพร้อมแข่งขันในตลาดการค้าเศรษฐกิจเสรีอาเซียนมากยิ่งขึ้น